Die Inhalte der Facharztweiterbildung richten sich nach den Weiterbildungrichtlinien der Bayerischen Landesärztekammer. 

Die Klinik hat in Zusammenarbeit mit den anderen Medizinischen Kliniken des Universitätsklinikums Erlangen die volle Weiterbildungsermächtigung zum Facharzt für Innere Medizin sowie die volle Weiterbildungsermächtigung zum Facharzt für Kardiologie und für die Zusatzbezeichnung "Internistische Intensivmedizin". Zudem ist die Medizinische Klinik 2 als Fortbildungsstätte für die Zusatzqualifikation "Interventionelle Kardiologie" anerkannt.

Nach den Vorgaben der Weiterbildungsordnung der Bayerischen Ärztekammer finden für die hausinternen Assistentinnen/Assistenten regelmäßige Lehrveranstaltungen statt.

Zusätzlich finden jährlich bis zu 30 Fort- und Weiterbildungsveranstaltungen statt, welche dem Veranstaltungskalender zu entnehmen sind.